El contexto histórico de Hypatia de Alejandría es el declive del Imperio Romano en el siglo IV D.C y sobretodo el aumento del cristianismo como religión principal y su ascenso en el poder político de Alejandría Egipto. Dándose una lucha entre el paganismo que está en declive, las ideas filosóficas, científicas y el adoctrinamiento cristiano, provocando intrigas. Esta lucha de poderes se consuma con la quema de la Biblioteca de Alejandría y con el brutal asesinato de Hypatia a manos de cristianos fanáticos. Dejando claro que la religión cualquiera que se profese no es el problema, sino que es la intolerancia y deseo de imponer creencias religiosas al desarrollo del conocimiento, cultura y ciencia. Esto conlleva el peligro de hundir todo conocimiento científico y racional, y preferir valorar lo inculto, fanático y sobretodo dogmático.
El responsable de la muerte de Hypatia fue Cirilo de Alejandría. Este demostró ser autoritario y fanático religioso al eliminar cualquier creencia que estaba alejada del cristianismo que profesaba; este “padre y protector de la fe” persiguió paganos, judíos y filósofos. Por otra parte Hypatia era una maestra de astronomía y filosofía quien daba clases a sus discípulos sobre el movimiento planetario dejando en claro sus ideas geocéntricas en la Biblioteca de Alejandría. Sin embargo, afuera de la biblioteca había conflictos religiosos entre paganos y cristianos recientemente aceptados por el Estado Romano. Por ejemplo, los cristianos realizan sacrilegios a las imágenes paganas, provocando que los sacerdotes paganos buscaran venganza. Pasan los años y el cristianismo tuvo mayor impacto en la vida política, religiosa y socio-cultural de Alejandría.
En ese contexto los líderes paganos recientemente cristianizados trataron de apoyar a Hypatia pidiéndole que se bautizará en público, sin embargo ella se negó, incitando el odio del obispo Cirilo. Tristemente Hipatia estaba alejada de estas intrigas político-religiosas, pues le interesa más comprender el movimiento planetario, permitiéndole descubrir que la tierra no es el centro del universo, sino que gira alrededor del sol con un movimiento elíptico.
Desgraciadamente para Hypatia el Obispo Cirilo dijo que Jesucristo nunca confió en una mujer y las opiniones de las mujeres no debían ser consideradas, por lo cual fue condenada a muerte, hecho que se consumó desnudándola, arrancándole la piel cuando aún estaba viva y posteriormente apedreándola.
Esta historia real debe dejar una gran lección, ya que primeramente esta asombrosa mujer filosofa y astrónoma, fue víctima del fanatismo religioso que impacta negativamente en las sociedades, por ejemplo la destrucción de la Biblioteca de Alejandría provocó un retraso en la acumulación de los conocimientos, por otra parte la imposición de una explicación religiosa a los fenómenos naturales conllevó a que hubiese un retroceso de más de 1,000 años en la ciencia. Para la vida cotidiana esta historia de Hypatia deja una gran lección, ya que su asesino intelectual (San Cirilo de Alejandría) posteriormente se convirtió en santo de la iglesia católica. Mientras que ella ha estado en el silencio de la historia, victima muda del machismo y el fanatismo religioso por más de 1600 años.