El 13 de julio de 2016, la Sala de lo Constitucional de la Corte Suprema de Justicia (CSJ) declaró ilegal la Ley de Amnistía General. No obstante el tiempo transcurrido, los diputados decidieron pedir a los magistrados una nueva prórroga para que la comisión Ad-hoc decida qué hacer con las dos propuestas que está estudiando.
El 12 de julio de 2019 la Sala dio una segunda prórroga a los diputados: cuatro meses que vencerán el miércoles 14 de noviembre. En la actualidad hay dos propuestas: Ley Especial de Justicia Transicional y Restaurativa para la Reconciliación Nacional y Ley Especial para la Reparación Integral y Acceso a la Justicia para Víctimas de Graves Violaciones a Derechos Humanos en el Contexto del Conflicto Armado.
La propuesta de prórroga sin plazo, que fue aprobada esta tarde con 66 votos a favor, tres en contra y una abstención, la propuso René Portillo Cuadra, diputado de ARENA. La iniciativa anterior sugería un plazo de 150 días más.
Los diputados pretenden que sea la Sala de lo Constitucional la que fije el nuevo plazo.
En mayo de este año la Asamblea Legislativa intentó aprobar una nueva ley de amnistía, justo unas semanas antes que llegara al poder el presidente Nayib Bukele. Sin embargo, el mandatario y varias instituciones privadas, como oenegés y universidades, se opusieron al considerar que deja de lado a las víctimas y privilegia la impunidad.
En ese entonces los diputados de ARENA y FMLN coincidieron en que era urgente aprobarla para evitar que algunos se aprovecharan de la normativa para sacar réditos electorales y políticos.
El 28 de mayo la Corte Interamericana de Derechos Humanos (CorteIDH) ordenó al Estado salvadoreño suspender el trámite de la nueva amnistía. Uno de sus argumentos fue que se pretendía perpetuar la impunidad y obstruir el acceso a la justicia de las víctimas de los crímenes de guerra ocurridos en los años 80. La Corte también ordenó a El Salvador presentar, a más tardar el 14 de junio, un informe sobre el cumplimiento de esta decisión.
Organizaciones como el Centro por la Justicia y el Derecho Internacional (CEJIL) señalaron que esta iniciativa de ley era una amnistía encubierta y que incluía disposiciones contrarias a las obligaciones internacionales asumidas por El Salvador, que pondrían en riesgo el derecho al acceso a la justicia de quienes han sufrido violaciones a sus derechos humanos.
Norman Quijano, entonces presidente de la Asamblea, dijo que la orden de la Corte allanaba la soberanía nacional. La aprobación de leyes, según él, es una facultad exclusiva del Órgano Legislativo y no puede verse inhibida por organismos foráneos. Su conclusión fue que lo que se veía era el desacato de la orden.
El 13 de julio de 2016 la Sala concluyó que la Amnistía violaba los artículos 2 incisos 1 y 3 y 144 inciso 2 de la Constitución de la República, por ir en contra del derecho de acceso a la justicia, a la tutela judicial o protección de los derechos fundamentales, y al derecho a la reparación integral de las víctimas de los crímenes de lesa humanidad y crímenes de guerra constitutivos de graves violaciones al Derecho Internacional Humanitario. También iba en contra de los artículos 1.1 y 2 de la Convención Americana sobre Derechos Humanos (CADH), así como del 2.2 del Pacto Internacional de Derechos Civiles y Políticos (PIDCP) y 4 del Protocolo II de 1977 adicional a los Convenios de Ginebra del 12 de agosto de 1949, relativo a la Protección de las Víctimas de los Conflictos Armados sin Carácter Internacional.
En esa resolución la Sala también sentenció que la Fiscalía podía iniciar las investigaciones de casos ejemplarizantes ocurridos durante la Guerra Civil como los que documentó la Comisión de la Verdad en la primera década de los años 90.