Un grupo de ciudadanos presentó varias denuncias contra los mandos medios y principales dirigentes de las Fuerzas Populares de Liberación (FPL), una de las cinco organizaciones que integró el Frente Farabundo Martí para la Liberación Nacional (FMLN) durante los años de la Guerra Civil.
Rosario Acosta fue una de las denunciantes. En declaraciones a la prensa explicó que su padre y su tío fueron desaparecidos por una escuadra que comandaban dos hombres que identificó como Juan Alas y Antonio Alas. Según ella la responsable de la zona era Nidia Díaz. Aclaró, sin embargo, que no pretende individualizar a nadie.
“Los acusaron de ser infiltrados, enemigos, de ser peligrosos para la revolución. Necesitamos que los revindiquen”, dijo en declaraciones afuera del edificio de la Fiscalía General de la República (FGR) en la colonia La Sultana, Antiguo Cuscatlán.
También fueron presentadas cinco denuncias por las desapariciones forzadas de Carlos Manuel Serrano, Sandra Margarita y Dora Alicia Ramos, René Oswaldo Oviedo, José Amílcar Osuna y Antonio David Acosta.
Serrano fue desaparecido en abril de 1980 cuando viajaban al aeropuerto. Él era miembro del Bloque Popular Revolucionario (BPR), una de las organizaciones de masas de la entonces guerrilla.
El 8 de febrero de 2017 el Colectivo de Víctimas del Terrorismo presentó una denuncia en la Fiscalía General para que reabriera dos casos de presuntos crímenes de lesa humanidad atribuidos a la comandancia de la exinsurgencia.
Uno de los casos es la masacre de cuatro marines estadounidenses en un restaurante de la Zona Rosa el 19 de junio de 1985; el segundo es el derribo de un helicóptero en el que viajaban tres militares de ese mismo país registrado el 2 de enero de 1991 en Lolotique, San Miguel.
Por el crimen de la Zona Rosa, el Informe de la Comisión de la Verdad señala como responsable del atentado al Comando Urbano Mardoqueo Cruz del extinto Partido Revolucionario de los Trabajadores Centroamericanos (PRTC) y como ejecutores a Ismael Dimas Aguilar y José Roberto Salazar Mendoza así como también Manuel Melgar, que recientemente se desempeñó como secretario privado de la Presidencia.
Los denunciados fueron: Salvador Sánchez Cerén, que en la época era el principal comandante de las FPL así como también otros insurgentes como Joaquín Villalobos, Francisco Jovel, Eduardo Sancho, Nidia Díaz, Ana Guadalupe Martínez, Jorge Meléndez, entre otros.
La presentación de las denuncias las ha posibilitado la sentencia de la Sala de lo Constitucional de la Corte Suprema de Justicia (CSJ) en la que declaró ilegal la Ley de Amnistía General para la Consolidación de la Paz que fue aprobada en el año 1993.