Los restos del expresidente Francisco Flores fueron llevados a un complejo funerario privado en la Urbanización Santa Elena de Antiguo Cuscatlán, luego de permanecer más de tres horas en la Basílica Virgen de Guadalupe, donde se realizó una misa de cuerpo presente.
La salida del féretro hacia el crematorio se retrasó luego de la conclusión de la misa, debido a las muestras de aprecio recibidas por parte de la familia del exmandatario y los homenajes que el féretro ha recibido por parte de los asistentes a la misa.
La viuda y los hijos de Flores solicitaron el domingo por la madrugada que los actos fúnebres del ex jefe de Estado se realizaran sin honores de Estado. La Cancillería de la República anunció el mismo domingo que respetarían la disposición de la familia.
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Al acto religioso concurrieron miembros de distintas misiones diplomáticas acreditadas en el país, así como Mireya Moscoso y Alfonso Portillo, expresidentes de Panamá y Guatemala respectivamente, quienes coincidieron con Flores durante sus mandatos.
Asimismo, acudieron diputados y dirigentes de ARENA, como Milena Calderón de Escalón, Ana Vilma de Escobar y Orlando Cabrera Candray, que insistieron en omitir comentario sobre acusaciones del hijo del exmandatario en contra del partido.