El epicentro del sismo, que se produjo hacia las 07H38 (sábado 22H38 GMT), se localizó en la prefectura de Ibaraki, al norte de Tokio, a 70 km de profundidad.
«No hay riesgo de tsunami», indicó la agencia.
No se registró ninguna anomalía en la central accidentada de Fukushima, donde también se sintió el temblor, ni en otros sitios nucleares de la región, en los que no hay actividad desde marzo de 2011, según sus operadores.
El temblor duró 30 segundos y los habitantes de la capital pudieron sentirlo, según periodistas de la AFP.
«Esto se movió durante 30 segundos, pero los objetos no se cayeron», indicó una persona que se encontraba cerca del epicentro, citada por la televisión.
Los trenes de alta velocidad Shinkansen fueron detenidos durante algunos minutos para revisar las vías, pero el tráfico recuperó la normalidad rápidamente.
Algunos trenes circulaban al ralentí en otras líneas, pero no se suspendió ningún tramo, según la compañía JR East.
En el aeropuerto Tokio-Narita, también se sintieron las sacudidas pero no perturbaron las operaciones.
«Pueden producirse réplicas, estén atentos», indicó la agencia de meteorología.
Japón continúa traumatizado por el terremoto de magnitud 9 registrado frente a su costa nordeste el 11 de marzo de 2011 y que provocó una ola gigantesca de 10 metros, que en algunos puntos alcanzó los 20, matando a más de 18.000 personas.
Este tsunami provocó la catástrofe de Fukushima, un complejo nuclear cuya situación sigue siendo bastante vulnerable.
Japón se encuentra sobre la confluencia de cuatro placas tectónicas y cada año sufre más del 20% de los sismos más fuertes que se registran en la Tierra.